В соответствии со статьей 17 Федерального закона от 07.02.2011 № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований» акты, составленные контрольно-счетными органами при проведении контрольных мероприятий, доводятся до сведения руководителей проверяемых органов и организаций. Пояснения и замечания руководителей проверяемых органов и организаций, представленные в срок, установленный законами субъекта Российской Федерации, нормативными правовыми актами представительного органа федеральной территории, прилагаются к актам и в дальнейшем являются их неотъемлемой частью.
Проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) контрольно-счетных органов в законодательные (представительные) органы.
Порядок обжалования представлений и предписаний, регламентируется главами 22 и 24 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации.